Za bývalého Janotova zaměstnavatele, ministerstvo financí, se s ním rozloučil současný šéf resortu Miroslav Kalousek. „Děkuji ti za tvou práci, kterou jsi udělal na veřejných rozpočtech,“ řekl. „Jestliže dnes máme méně problémů než jiné evropské země, je to i tvoje zásluha,“ dodal. Za bývalou Fischerovu vládu, v níž Janota zastával post ministra financí, přišla dát poslední sbohem bývalá ministryně školství Miroslava Kopicová. „Vždycky jsi hájil jediný zájem, a to byl zájem tvé vlasti,“ řekla viditelně dojatá Kopicová. Ocenila jeho rozhled i laskavou povahu.
Tomáš Sedláček, ekonom a člen NERV
„(Janota) Uměl věci, které tady skoro nikdo neuměl, třeba sestavování rozpočtu. Navíc to ale byl člověk, který uměl komunikovat, který byl pokorný, kterému nikdy nešlo o něho samotného, kterému šlo o věc…“
Reportáž Štěpánky Martanové
Janota, absolvent Vysoké školy ekonomické v Praze a od roku 1999 náměstek ministra financí, byl dlouholetým nepolitickým úředníkem ministerstva financí, kde měl na starosti přípravu státního rozpočtu. Tradovalo se o něm, že patří k několika málo lidem, kteří se detailně orientují ve státních financích; dokonce se říkalo, že bez něj žádný ministr financí rozpočet nesestaví. Jako nepolitický úředník pracoval pod ministry z různých stran včetně ODS a ČSSD.
Václav Klaus, prezident ČR
„Nikdy se nedal do služeb té či oné politické strany, vždy mu šlo o kvalitu státního rozpočtu. Bude nám chybět.“
Jeho znalostí tak využívali počínaje Ivanem Kočárníkem všichni čeští ministři financí, až v září 2006 ho ministr financí z ODS Vlastimil Tlustý po svém nástupu do funkce odvolal. Po odchodu Tlustého z ministerstva v lednu 2007 ho tehdejší ministr Miroslav Kalousek jmenoval zpět do funkce. Po pádu druhé Topolánkovy vlády se Eduard Janota stává v úřednickém kabinetu Jana Fischera ministrem financí. Místo pár měsíců jím byl přes rok. I přes prosazování nepopulárních kroků jeho obliba neutrpěla.
