Pojar se narodil 8. dubna 1940 v Praze, vystudoval orientalistiku a filosofii na Karlově univerzitě a poté angličtinu na Kolumbijské univerzitě v New Yorku. Od roku 1966 až do roku 1990 působil v nakladatelství Academia zřízeném Československou akademií věd (ČSAV).
Po změně režimu v roce 1989 přijal nabídku tehdejšího ministra zahraničí Jiřího Dienstbiera, aby nastoupil do zahraniční služby a obnovil diplomatické vztahy mezi Československem a Izraelem. „Dal mi na rozhodnutí 24 hodin,“ vzpomínal podle serveru později Pojar.
Pojar napsal řadu knih s židovskou a izraelskou tematikou. Kromě dějin českých Židů a osobnosti Masaryka jej zajímaly také česko-německé vztahy. Jeho syn Tomáš Pojar v současnosti obdobně zastává funkci velvyslance v Izraeli.