Peníze brali zaměstnanci v plošných odměnách. V průměru to bylo měsíčně 10 500 korun na člověka, nejvyšší částka za měsíc byla 90 000 korun. Tehdejší ředitel Petr Štěpánek bral průměrně šedesátitisícové odměny. Podle kontrolorů fond vyplácení odměn nezdůvodňoval, maximálně uváděl jako důvod běžné činnosti.
„Tento prvotní závěr vyslovili auditoři formy Delloite, kteří vykonávali audit pod hlavičkou auditního orgánu ministerstva financí. Konstatovali pouze jakési formální pochybení ve zdůvodňování, nikoli neoprávněné vyplácení,“ hájila ve Studiu ČT24 postup fondu jedna z jeho vedoucích pracovnic Jana Krejčová.
Vedoucí pracovnice SFŽP Jana Krejčová na otázku ČT, zda i v současnosti dostávají zaměstnanci fondu odměny z dotačního programu Životní prostředí: "Ano. A to z toho důvodu, že jsou to odborníci v oblasti životního prostředí. Hodnotí a administrují velké projekty. Fond si musí tyto pracovníky udržet, protože je po nich poptávka i v soukromém sektoru…"
Podle jejích slov ještě ČR z Bruselu neobdržela žádné oficiální stanovisko, a dokud se tak nestane, jde podle ní pouze o spekulace, k nimž se není možné oficiálně vyjádřit. Potvrdila ale, že pokud by EU odmítala 29 milionů korun proplatit, fond je vrátí a o stejnou částku sníží budoucí mzdové výdaje.