Narodil se za války v česko-židovské rodině. Otce nepoznal a skutečnost, že jej zavraždili v terezínské pevnosti, Sidona poznamenala na celý život: „Už jako malé dítě jsem věděl, že mír je vratká záležitost, a byl jsem připraven na to, že se mohou dít strašné věci. Že může být úplně zle. Ten pocit není strach, spíš bych to nazval jistotou. Každé židovské dítě si ji v sobě nese.“ Po válce Sidon vystudoval dramaturgii a scenáristiku na FAMU. Poté pracoval jako dramaturg animovaných filmů a redaktor Literárních listů. Jenomže přišel srpen 1968.
Karol Sidon, vrchní pražský a zemský rabín
„Tehdy se ve mně probudilo zase to židovské dítě, co ví, jak to chodí. Po invazi jsem si už nedělal žádné iluze, dokonce jsem si myslel, že perzekuce bude podstatně tvrdší, že nás zastřelí.“
Po roce 1969 byl tři roky televizním scenáristou, pak se ale z politických důvodů stal pomocným dělníkem ve Vodních zdrojích a prodavačem tisku v kiosku PNS, ale i odtud jej propustili. Po podepsání Charty 77 onemocněl.
Literárně se prosadil koncem šedesátých let prózami Sen o mém otci a Sen o mně. Romány Evangelium podle Josefa Flavia a Boží osten už vyšly samizdatem. Kromě prózy psal i scénáře k filmům či rozhlasové hry. Jeho poslední díla vznikla ještě před nucenou emigrací do Německa, tam vystudoval židovská studia. Pro Juraje Jakubiska napsal scénáře k filmům Zběhové a poutníci, Ptáčkové, siroty a blázni a Sedím na konári. Též je autorem několika rozhlasových her.
Bůh mu pomohl najít klíčky od auta, tak se k němu obrátil
Cesta z bezvěrce k ortodoxnímu rabínovi byla složitá a Sidonovi přinesla nadhled laskavého duchovního. Najít boha mu navíc pomohl zajímavý zážitek. Při práci ve Vodních zdrojích jezdil po kraji měřit stav vody v studních. Jednou ztratil v terénu klíčky od auta, a když už nevěděl kudy kam, napadlo ho říct: „Pane bože, prosím tě, jestli mně pomůžeš ty klíčky najít, kleknu si a posypu si hlavu hlínou.“ A v tu chvíli je našel.
Počátkem 90. let Sidon absolvoval rabínský seminář v Jeruzalémě a vrátil se do Prahy. Tady ho jmenovali pražským a zemským rabínem. V roce 2004 byl kvůli sporům uvnitř obce z úřadu pražského rabína odvolán. V listopadu 2005 jej nová reprezentace Židovské obce v Praze do funkce vrátila. Jeho přednášky ve Vzdělávacím centru židovské obce jsou velmi oblíbené. Ve své pozici se mimo jiné aktivně zasazuje o demýtizaci židovství: „Celou dobu, co jsem rabínem, se snažím židovství odčarovat. Má pochopitelný nádech romantismu. Židé jsou ale normální, mají jednu hlavu, dvě oči, tak jako všichni ostatní. Odlišuje je jejich víra, osud a vztah ke vzdělání,“ říká.