Filip byl zavražděn výstřely do hlavy v lese u Liptovské Tepličky nad dopředu připraveným hrobem. „Dohodli jsme se dopředu na tom, že vykopeme hrob, pomáhal jsem i při odstraňování stop,“ uvedl dnes Černák v závěrečné řeči. Prý se za tento čin a kriminální minulost stydí. Zároveň popřel, že by spáchal ostatní vraždy, ze kterých ho obžaloba viní.
Kromě vraždy Filipa prokuratura viní Černáka z vraždy bývalého policisty Gustáva Slivenského a dalších čtyř členů různých skupin podsvětí. V roce 2000 byl na jeho pokyn zavražděn podnikatel Marián Karcel. Prokuratura ho tedy viní ještě z objednávky jedné vraždy.
Kromě procesu v Prešově hrozí Černákovi také obnovení soudního řízení v Banské Bystrici kvůli údajnému zavraždění polského podnikatele Grzegorze Szymaneka. O obnovení procesu začátkem roku požádala generální prokuratura, soud ale dosud o žádosti nerozhodl.