Nedlouho poté, co v listopadu 2008 Obama vyhrál prezidentské volby, požádal Gatese, aby ještě nakrátko ministerstvo řídil. Tento krok měl zajistit stabilitu vojenské politiky Spojených států v době, kdy bojovaly ve dvou válkách - v Afghánistánu a v Iráku. Zároveň tak Obama plnil svůj předvolební slib, že zapojí do své vlády i republikány.
V prosinci se Gates a Obama domluvili, že šestašedesátiletý bývalý příslušník americké tajné služby zůstane v čele Pentagonu i nadále. Oznámil to prý mluvčí ministerstva Geoff Morrell. Dohoda je prý časově neohraničená, trvat by ale měla minimálně do konce letošního roku.
Během ročního fungování Obamovy vlády se z Gatese stal prezidentův klíčový poradce a nic nenasvědčuje tomu, že by se chystal brzy odejít. Jeho setrvání ve vedení ministerstva obrany po dobu minimálně jednoho roku znamená, že bude mít na starosti zintenzivnění vojenské kampaně v Afghánistánu během léta. Dohlížet také bude na odchod zhruba poloviny amerických jednotek z Iráku.
