Pracoviště, které patří k nejstarším policejním útvarům v Česku, pracuje na posudcích v oblasti biologie, genetiky, fyziky, chemie a antropologie. Mezi jeho nejmladší znalecké činnosti patří počítačová kriminalita a genetika. Pracovníci KÚP pravidelně provádějí daktyloskopickou identifikaci osob.
Základy ústavu byly položeny v roce 1945 založením Kriminální ústředny ministerstva vnitra. Na konci čtyřicátých let vznikly v rámci Kriminální ústředny technický a identifikační odbor, které se v roce 1953 staly součástí vědeckotechnického odboru nové hlavní správy Veřejné bezpečnosti.
Rozkazem ministra vnitra z 12. prosince 1958 se tento odbor přeměnil na Kriminalistický ústav a stal se jediným ústředním pracovištěm pro výkon kriminalistických expertíz na území Československa a nynější České republiky.
Oběti tsunami i lesní vrah
Ke známým kauzám, na jejichž objasnění se odborníci ústavu podíleli, patří třeba případ takzvaného spartakiádního vraha Jiřího Straky či kauza orlických vražd. Před třemi lety byl ústav oceněn vedením policie za identifikaci českých obětí tsunami v Thajsku. V posledních letech balistici z KÚP přispěli k usvědčení takzvaného lesního vraha Viktora Kalivody.
KÚP si postupně získal i renomé v zahraničí. V roce 1998 byl přijat do Evropské sítě soudních laboratoří a stal se prvním českým policejním pracovištěm působícím v rámci oficiálních evropských struktur.