Po listopadu 1989 se nadace přestěhovala do Prahy, z podpory disidentů a nezávislé kultury přešla k podpoře kulturně humanitárních aktivit a stala se jedním z průkopníků občanské společnosti. Pomáhala například vydavatelstvím a novým periodikům.
V lednu 1992 vznikl patrně její nejznámější projekt - Konto Míša, celonárodní sbírka, která umožnila zakoupení unikátního Leksellova gama nože. V současnosti je jejím stěžejním projektem Konto Bariéry, který je určen pro handicapované občany.
Za dobu své existence Nadace Charty 77 vybrala a rozdělila kolem jedné miliardy korun. Také uděluje čtyři ceny - Cenu Františka Kriegla za občanskou statečnost, literární Cenu Jaroslava Seiferta, Cenu Toma Stopparda za myšlenkově přínosné eseje a Cenu Josefa Vavrouška za pozitivní kroky ke zlepšení životnímu prostředí.
