Podle Ministerstva životního prostředí má celá oblast, kde se stékají řeky Morava a Dyje, zcela výjimečnou krajinnou hodnotu a jejím významem ji lze přirovnat k deštným pralesům: „Vyskytuje se tam nejvíce druhů hmyzu, které ke svému životu potřebují staré stromy. Některé přitom žijí jenom zde,“ uvádí tisková zpráva z ministerstva.
Starostové okolních obcí si ale nemyslí, že by ekologickou ochranu oblasti lužních lesů zlepšilo vyhlášení CHKO. Podle některých z nich už „současný způsob hospodaření zapříčinil, že je území z hlediska ochrany přírody jedinečné a nepoškozené“, píše tajemník Břeclavi Dalibor Neděla, podle něhož je dosazení nových úředníků z Prahy plýtváním peněz.
Celé území Soutoku je předmětem četných sporů mezi Lesy ČR, které tam hospodaří, a ochránci přírody. Těm vadí, že tam státní podnik drasticky kácí stromy a frézuje pařezy, což zejména u vzácných brouků vede k poškozování druhové rozmanitost.